Леонардо да Винчи не собирался писать специальные трактаты по вопросам химии. До нас дошли разнообразные отрывки, по большей части носящие характер рецептов и охватывающие металлургию, технику изготовления красок, лаков, масел для живописи, изготовление ароматов и благовоний, военное дело (порох, «греческий огонь»), выделку искусственных камней и жемчуга и т. д. Часть таких рецептов должна была, разумеется, войти в большое сочинение о живописи, кое-что - в сочинение о природе. Но характерно, что мы имеем дело именно с рецептами, здесь нет обобщений, как в других разделах, таких, какие имеются, например, там, где Леонардо анализирует полет птиц, движения животных, или в «науке о воде», где конкретные наблюдаемые явления, как правило, возводятся к общим законам механики. Разве только анализируя смешение красок, Леонардо сделал попытку внести известную систему. Верный своей мысли, что «пропорция обретается всюду, не только в числах и мерах, но также в звуках, тяжестях, временах и положениях и в любой силе, какая бы она не была», он проследил всевозможные комбинации двух, трех и более красок

Такая эмпирическая рецептура в области химии исторически понятна. Для Леонардо «никакой достоверности нет в науках там, где нельзя приложить ни одной из математических наук, и в том, что не имеет связи с математикой». Но химия времен Леонардо еще не созрела для широких теоретических обобщений, для «математической химии».
Леонардо да Винчи называл алхимию «исполнительницей простых произведений природы», имея в виду ту ремесленную химию, которая лабораторным путем на основе производственного опыта создает новые вещества, отсутствующие в природе. С другой стороны, Леонардо заявлял, что природа способна создавать и такие вещества, которые не в силах создать алхимики в своих лабораториях. К их числу относится золото. Как бы то ни было, алхимические обобщения и объяснения, полные фантастики и мистики, Леонардо отвергал безусловно. Алхимическая традиционная символика лишь иногда служила для него дополнительным средством зашифровать свои производственные секреты. В ней не было ничего мистического и таинственного.
Леонардо да Винчи:
«Мысленные вещи, не прошедшие через ощущение, пусты и не порождают никакой истины, разве только обманчивую; и коль скоро такие рассуждения рождаются от скудости ума, то бедны всегда такие умозрители, и если они родились богатыми, то умрут бедными к старости, так что кажется, будто природа мстит тем, кто хочет делать чудеса,— они будут владеть меньшим, чем другие люди, более спокойные. И те, кто хотят разбогатеть в один день, долгое время живут в великой бедности, как бывает и вовеки будет с алхимиками, стремящимися создать золото и серебро, и с инженерами, которые хотят, чтобы стоячая вода из самой себя давала движущую жизнь путем постоянного движения, и с некромантами и заклинателями, стоящими на вершине глупости. О искатели постоянного движения, сколько пустых проектов создали вы в подобных поисках! Прочь идите с искателями золота! Лживые толкователи природы утверждают, что ртуть есть общее семя всех металлов, не памятуя о том, что природа разнообразит семена соответственно различию вещей, которые хочет произвести в мире. И если бы все же бессмысленная скупость привела тебя к подобному заблуждению [что золото можно получить искусственно], почему не пойдешь ты в горные рудники, где такое золото производит природа, и там не сделаешься ее учеником? Она тебя наверняка исцелит от твоей глупости, показав, что ни одна из вещей, делаемых тобою в огне, не будет той, которыми она сама пользуется для произведения золота. Нет здесь ни ртути, ни какой-либо серы, ни огня, ни иной теплоты, кроме теплоты природной, живительницы мертвого мира, которая покажет тебе ветвления золота в лапислазури или ультрамариновой сини - краске, не подвластной огню. И, внимательно рассматривая эти ветвления золота, ты увидишь на концах их, что они медленно н постепенно растут и обращают в золото то, что с ними соприкасается. И заметь, что здесь-то и обитает растительная душа, произвести которую не в твоих силах»

О горении и пламени

Там, где не живет пламя, не живет ни одно животное, которое дышит. О жаре и цвете огня не существует науки, ни о его природе, ни о цвете стекол и других вещей, которые в нем зарождаются, а только о его движениях и других акциденциях, - о том, как прибавлять и убавлять его силу и менять цвета его пламени столькими различными способами, сколько существует разнообразных материй, его питающих и в нем распускающихся. И огонь сам по себе непосредственно способен умножаться до бесконечности, если бы только возможно было до бесконечности увеличивать количество пороха в бомбарде. А если предположить, что огню можно было бы дать количество пороха, равное объему всех четырех стихий, спрашивается, что бы он сделал или какое движение произвел над сферой огня и что бы сделала эта сфера? и т. д.
Нижняя часть пламени есть первое начало этого пламени, через нее проходит вся его маслянистая пища; и эта пища имеет тем меньше тепла в сравнении с остальным пламенем, чем меньше в ней блеска. Нижняя часть пламени - голубого цвета, здесь пища очищается и предуготовляется для пламени более светлого. Она первая рождается при возникновении пламени и рождается сферичной; прожив, некоторое время, она производит над собой маленький огонек блестящего цвета и сердцевидной формы, вершиной обращенный к небу; этот огонек непрерывно растет до бесконечности благодаря притоку питающей его материи... Блеск, облекающий пламя свечи, в свою очередь облекается окружающим воздухом, и это та пустота в воздухе, которая пополняется стихией огня (fuoco elemento); за огнем-стихией непрерывно рождается огонь производный (fuoco elementato), состоящий из огненного пара; он изливается во влажном дыме, а остальная часть этого дыма замутняет конец узкого пламени. По укшазанной причине пламя становится красноватым и в конце концов темнобагровым. Между пламенем и свечой возникает циркуляция воздуха; после удара об освование итого пламени воздух поворачивает вверх и так, разогреваясь, ударяет о поверхность свечи, растопляет ее и приуготовляет ее к питанию указанного пламени. Подъем растопившейся влаги над фитилем свечи обусловлен пустотой, которая возникала бы, если бы приток новой пищи не заполнял места, где предшествующая уже уничтожена жаром огня...
...Голубое пламя, видимое у начала светлого языка горящей свечи, зарождается ниже тонких материй этого пламени и находится над темной окраской фитиля свечи. И превосходную часть этого голубого цвета мы видим по боковым краям такого пламени, со всех сторон, вокруг темного фитиля. Происходит это оттого, что чернота, отражаемая в ярких частях, кажется очень светлой, рождая красоту и становясь голубой; такова та темнота, которая отражается в сияющей вогнутости света, ее облекающего, и т. д. Голубое пламя принимает сферическую форму, ибо оно не имеет столько жара, чтобы одолеть легкость воздуха, а потому и не образует пирамидальной фигуры, сохраняя форму сферическую, пока не нагреет окружающий воздух. И так как главный источник тепла для воздуха находится над главным жаром этого голубого пламени, тепло это рождается с той стороны, куда направлено естественное стремление пламени двигаться, а именно, по кратчайшему пути к сфере огня.